O Departamento de Esgoto (DEPE) é responsável por coletar e destinar corretamente o esgoto da cidade, bem como a manutenção das redes coletoras. Para isso, conta com os coletores públicos e gerais que desembocam nas Estações Elevatórias de Esgoto, onde ocorrem o recalque e a compressão do efluente. Elas são utilizadas devido ao fato da área de Pelotas ser plana.
É de competência do DEPE os serviços de desobstrução de esgoto e limpeza de caixas de calçada.
O telefone do departamento é (53) 3025.3739.