A primeira tentativa de implantar um serviço de abastecimento e distribuição de água em Pelotas foi em 1861. O italiano Ângelo Cassapi propôs um contrato para fornecimento de água por meio de um poço artesiano. A água era levada às casas via encanamento de ferro. O serviço foi aperfeiçoado ao passar dos anos, até que em 1965 foi criado, pela lei nº 1.474, o Serviço Autônomo de Água e Esgotos (SAAE) como entidade autárquica municipal, dispondo de autonomia econômico-financeira e administrativa. O SAAE era responsável por exercer quaisquer serviços relativos à água e esgotos.
Em 02 de maio de 1984, pela lei no 2.838, sancionada pelo então prefeito de Pelotas, Bernardo de Souza, foi alterada a denominação do serviço de saneamento de SAAE para Sanep (Serviço Autônomo de Saneamento de Pelotas). A partir desta data, o Sanep passa a ser responsável pela captação, tratamento e distribuição de água potável, coleta e tratamento de esgotos sanitários e coleta, tratamento e destinação dos resíduos sólidos. Em agosto de 2002, o Sanep recebeu da Prefeitura Municipal de Pelotas, por decreto, o dever de cuidar do Sistema Pluvial da cidade.
Atualmente o Sanep é responsável pela captação, tratamento e distribuição de água potável, coleta, tratamento e destinação de resíduos sólidos, coleta e tratamento de esgotos sanitários e pela macrodrenagem urbana. Possui aproximadamente 800 funcionários* que atuam nos diversos departamentos, divisões e setores da autarquia. A partir do ano 2000, a contratação passou a ser efetuada somente mediante concurso público, e o regime de trabalho é baseado no Estatuto (lei municipal Nº 3.008/1986), podendo ocorrer contratações emergenciais quando necessário.
Desde 2017 um novo modelo de gestão passou a ser adotado no Sanep. Programas institucionais foram criados nas diferentes áreas de atuação da autarquia, visando qualificar os serviços prestados e ampliar a capacidade de atendimento do Sanep.
Para diminuir as perdas, um programa de substituição de redes antigas de água foi criado. Foram mais de 100 quilômetros de redes trocadas desde então, e segue ativo, em uma ação inédita no Município.
Qualificar o formato de atuação dos servidores também se tornou prioridade e, para garantir as condições de trabalho, a gestão passou a adquirir de forma ágil as ferramentas básicas: a frota de veículos foi renovada e ampliada; materiais básicos como tubulações, peças e equipamentos de proteção individual (EPIs) foram adquiridos em estoque, assim, sempre que necessário há a pronta entrega para a realização dos serviços.
O Sanep foi renovado. Na área de drenagem urbana, todas as Casas de Bomba do Município, responsáveis pelo bombeamento e escoamento da água da chuva, foram requalificadas, ganharam mais potência com a substituição de bombas antigas por novas. Os canais de macrodrenagem foram limpos, em mais um programa criado, o de Limpeza de Canais. Foram mais de 80 quilômetros limpos no primeiro ano de funcionamento do programa e, desde então, todos ganham manutenção periódica, com remoção do lixo e da vegetação.
Na coleta de lixo a mudança foi importante e trouxe resultados imediatos, com ampliação da capacidade de coleta do material reciclável de porta em porta, com aumento de frequência da retirada do lixo e mudança no formato da coleta conteinerizada. O óleo de cozinha teve sua destinação correta, com a criação do Projeto Óleo Sustentável, com pontos de coleta em diferentes locais da cidade à disposição da população. Com o óleo, o Sanep produz produtos de limpeza como sabão líquido e em barra, em parceria com uma Cooperativa, a Nova Esperança. Todo o material produzido é destinado aos hospitais, escolas, às famílias de baixa renda em parcerias com a prefeitura.
Grandes obras foram retomadas desde 2017, como a construção da Estação de Tratamento de Água (ETA) São Gonçalo e a Estação de Tratamento de Esgoto (ETE) Novo Mundo. Substituição de redes de água seguem em andamento, assim como a ampliação das redes de esgoto, realizado em locais como a Vila Jacob Brod e a avenida Francisco Caruccio.
A preocupação com o bem-estar do servidor da autarquia permanece constante e em 2021 foi lançado o projeto Sanep Mais, uma campanha interna de integração entre os colaboradores. A iniciativa busca potencializar as capacidades individuais dos profissionais, priorizando a humanização, a fim de qualificar o trabalho coletivo prestado à população.
A atual gestão do Sanep se mantém ativa, trabalhando para ampliar o acesso com qualidade ao saneamento básico para todos os pelotenses.