Lagoa de Estabilização - Zona Fragata
O SANEP implantou em 1983 uma Lagoa de Estabilização, visando minimizar poluição causadas pelos efluentes de esgotos das residências e indústrias. Os resíduos do Coletor Geral 2 - Zona Fragata são tratados por meio da lagoa de estabilização, para então serem lançados no Arroio Santa Bárbara, e por fim, ao São Gonçalo.
A área possui 4 hectares e sua capacidade é de 7.500 metros cúbicos por dia (10% dos esgotos da cidade).
Em 2008 a Lagoa de Estabilização sofreu uma limpeza, retirou-se a vegetação enraizada do fundo da Lagoa e os taludes foram retificados. Na execução do trabalho utilizou-se caçambas e drag-lines. Com a operação de limpeza o tratamento se tornou ainda mais eficiente.
Reator Anaeróbio de Leito Fluidizado – RALF
Em agosto de 1996 o Sanep iniciou as obras da primeira usina de tratamento de esgotos da cidade. A Estação de Tratamento de Esgotos (ETE) está localizada na rua Uruguai, em frente ao Clube Regatas Pelotense, e foi inaugurada em maio de 2003. É constituída de dois RALF's com capacidade de 111 litros por segundo cada um, que fazem o tratamento anaeróbio (sem oxigênio) do esgoto, antes de despejá-los no São Gonçalo.
Este tratamento diminui a carga orgânica do efluente, reduzindo os danos ao meio ambiente. Tal estação trata 30% dos esgotos da cidade provenientes da Bacia da Várzea do São Gonçalo, compreendendo a zona leste da cidade, beneficiando os Bairros do Areal, Cruzeiro, Loteamento Dunas, Bairro Nossa Senhora de Fátima, Vila Bom Jesus, Jardim Europa e Zona do Porto, com uma razão de 222 litros/segundo.
ETE Laranjal
O Sanep inaugurou, no dia 19 de dezembro de 2007, a Estação de Tratamento de Esgoto do Laranjal, localizada Av. Senador Joaquim Augusto Assumpção, esquina Nova Prata.
Na primeira etapa foram construídas 15 km de redes coletoras, atingindo 1200 residências, 4 estações elevatórias e a ETE com reatores anaeróbios, filtros biológicos, leitos de secagem de lodo e área para um banhado com tratamento complementar. O tratamento atinge um índice de 85% de eficiência no tratamento dos despejos.
ETE Novo Mundo
Localizada na avenida Francisco Caruccio, zona norte do Município, a ETE Novo Mundo vai tratar 100 litros de esgoto por segundo e será mais um importante passo para avançar na universalização do saneamento básico do Município de Pelotas. Cerca de 27 mil residências estão com redes ativas ligadas ao Coletor Geral (CG3) e terão o esgoto tratado na nova Estação, beneficiando regiões da Zona Norte, como Vila Princesa, Pestano, Sítio Floresta, Três Vendas, Getúlio Vargas, Arco Íris e proximidades do Aeroporto. A estrutura física da Estação terá suporte para tratamento de 300 litros de esgoto por segundo, com o primeiro módulo tratando 100 litros por segundo.